Este método se basa en la distancia mínima. Para calcular la distancia entre dos clústeres, se compara cada posible combinación de dos filas (o columnas) entre los dos clústeres. La distancia entre los clústeres es la misma que la distancia entre las dos filas (o columnas) de los clústeres menos distantes.

Supongamos que hay tres clústeres llamados C₁, C₂ y C₃. Los clústeres C₂ y C₃ se agregan para formar un único clúster nuevo denominado C₄. La distancia entre el clúster C₁ y el nuevo clúster C₄ se calcula de la siguiente forma: