该方法基于最小距离。要计算两个群集之间的距离，将比较两个群集之间的两个行（或列）的每个可能组合。两个群集之间的距离与距离最近的群集中的两个行（或列）之间的距离相同。

假设有三个称为 C₁、C₂ 和 C₃ 的群集。群集 C₂ 和 C₃ 聚合以形成称为 C₄ 的新的单个群集。群集 C₁ 和新群集 C₄ 之间的距离计算方法为：