Diese Methode basiert auf der minimalen Entfernung. Um die Entfernung zwischen zwei Clustern zu berechnen, wird jede mögliche Kombination zweier Zeilen (oder Spalten) aus den verschiedenen Clustern miteinander verglichen. Die Entfernung zwischen den Clustern entspricht der Entfernung zwischen den beiden Zeilen (oder Spalten) der Cluster, die am wenigsten voneinander entfernt sind.

Betrachten wir beispielsweise drei Cluster mit den Bezeichnungen C₁, C₂ und C₃. Die Cluster C₂ und C₃ werden zu einem neuen einzelnen Cluster C₄ aggregiert. Die Entfernung zwischen Cluster C₁ und dem neuen Cluster C₄ wird wie folgt berechnet: